조세심판원은 9월 3일 결정한 조심 2025중3593 사건에서 무증자합병의 경우 합병신주의 교부가 일어나지 않고 피합병법인의 주식이 신주로 대체됨 없이 소멸하므로, 모회사 입장에서는 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생해 손익이 확정되는 것으로 볼 수 있다고 판단했다.
심판원은 이에 따라 합병구주의 가액, 즉 피합병법인 주식의 취득가액은 「법인세법」 제19조의 손금에 해당한다고 봤다.
이 사건에서 청구법인은 합병자회사와 피합병자회사 모두의 지분 100%를 소유하고 있었다. 합병자회사는 2019년 5월 20일 피합병자회사를 흡수합병했지만 신주를 발행하지 않았고, 합병으로 발행된 주식이나 지급된 현금도 없었다.
청구법인은 당초 소멸된 피합병자회사 주식의 세무상 장부가액 OOO원을 합병자회사 주식의 장부가액에 가산해 2019사업연도 법인세를 신고했다. 이후 2025년 3월 24일 해당 장부가액 OOO원의 손금산입과 법인세 OOO원 환급을 구하는 경정청구를 했으나, 평택세무서장은 같은 해 5월 22일 이를 거부했고 청구법인은 8월 18일 심판청구를 제기했다.
처분청은 자본잠식 상태에 있지 않은 완전자회사 간 무증자 합병에서는 소멸된 피합병법인 주식의 세무상 장부가액을 합병법인 주식가액에 가산해야 하며 손금산입 대상은 아니라고 봤다.
그러나 조세심판원은 무증자합병으로 주식을 교부받지 못한 피합병법인의 주주가 합병법인의 주주라는 이유만으로 해당 피합병법인 주식가액을 합병법인 주식가액에 가산할 법령상 근거는 없어 보인다고 판단했다. 합병법인 주식 수가 변동이 없는 상황에서 그 장부가액을 증가시키는 것은 임의평가증에 해당하는 것으로 보이며, 이는 「법인세법」상 허용되지 않는다고 봤다.
심판원은 또 2024년 2월 29일 개정된 「법인세법 시행령」 제72조 제5항에서 관련 규정이 신설된 점도 짚었다. 심판원은 이 규정이 무증자합병 때 합병법인 주식의 평가 근거가 없고 피합병법인 장부가액이 손금으로 되는 문제가 발생함에 따라, 정책적 목적에서 피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식의 장부가액에 가산할 수 있도록 근거를 마련한 것으로 보인다고 판단했다.
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