대법원 제1부는 9월 3일 종로세무서장이 제기한 양도소득세경정거부처분취소 사건(2026두30681)에서 상고를 기각했다. 대법원은 원심인 서울고등법원 2026년 2월 6일 선고 2025누4120 판결을 수긍했다.
쟁점은 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호의 '사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일'이라는 문구 해석이었다. 이 규정은 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일 또는 사업인정고시일 전에 양도하는 경우의 양도일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2023년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면하도록 하고 있다.
대법원은 협의취득이 비록 사법상 매매계약의 형태를 취하더라도 토지보상법에 따라 수용될 수 있는 재산권을 대상으로 하고, 손실보상 역시 동일한 이론적 근거에 기초한다고 봤다. 또 협의에 불응하면 바로 수용을 당하게 된다는 심리적 강박감 등으로 협의취득은 실질적으로 수용과 비슷한 공법적 기능을 수행한다고 판단했다.
이어 제77조 제1항 제3호가 수용이 이루어지는 경우를 명시적으로 상정하는 반면, 같은 항 제1호는 수용이 아닌 방법으로 토지 등이 확보되는 경우까지 포괄하기 위해 '양도'라는 용어를 별도로 사용했다고 설명했다. 따라서 수용절차 개시에 필요한 사업인정고시의 존재를 제1호의 적용요건으로 보기는 어렵고, 괄호 부분 역시 감면 대상을 양도일 기준으로 한정하는 시간적 기준을 정한 것으로 해석했다.
대법원은 사업인정고시가 있어야만 감면이 가능하다고 보면, 사업인정고시가 없는 상태에서 협의취득에 응한 사람이 감면을 받지 못하고 협의에 불응해 사업인정고시 뒤 수용된 사람과 불균형이 생길 수 있다고도 봤다. 이런 해석은 공익사업의 원활한 진행을 도모하려는 규정 취지에 역행할 수 있다는 취지다.
이 사건에서 원고는 국방ㆍ군사시설부지 매입사업에 따라 2022년 5월 3일 대한민국과 손실보상협의계약을 체결하고, 다음 날 토지를 공공용지의 협의취득을 원인으로 이전했다. 이후 사업인정고시가 없다는 이유로 감면 적용을 부정한 세무서 처분이 다퉈졌는데, 대법원은 원심과 같이 그 처분이 위법하다고 본 판단에 잘못이 없다고 보고 상고를 받아들이지 않았다. 판결은 10일 대법원 중요판결로 공개됐다.
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