조정대상지역서 2020년 6월 17일 후 재등록한 법인 임대주택, 종부세 합산배제 제외

조정대상지역에서 2020년 6월 17일이 지난 뒤 장기일반민간임대주택으로 다시 등록한 법인의 주택은 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다고 조세심판원이 판단했다. 합산배제 신고 안내문 발송과 장기간 미부과 뒤 과세한 것도 신의성실 원칙에 반하는 소급과세로 보기 어렵다고 봤다.

조세심판원은 9월 8일 '조심 2026서2413' 결정에서 청구법인의 심판청구를 기각했다. 쟁점은 쟁점임대주택이 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호 나목의 합산배제 제외 주택에 해당하는지, 또 뒤늦은 과세가 「국세기본법」상 신의성실 원칙에 반하는지 여부였다.

청구법인은 2016년 6월 27일 도시형 생활주택 5개호를 취득했고, 2016년 6월 17일 단기임대주택으로 임대사업자 등록을 했다. 이후 2020년 9월 18일 등록이 자동말소됐고, 2021년 9월 28일 장기일반민간임대주택(10년)으로 다시 등록한 뒤 같은 달 30일 종합부동산세 임대주택 합산배제 신고를 했다.

처분청은 2025년 11월 17일 과세예고통지를 했고, 2026년 3월 3일 2021년 귀속분과 2022년 귀속분 종합부동산세를 결정·고지했다. 청구법인은 이에 불복해 2026년 5월 1일 심판청구를 냈다.

조세심판원은 합산배제 임대주택 여부는 과세기준일 현재 유효한 임대사업자등록을 전제로 그 등록 신청 시점을 기준으로 판단해야 한다고 봤다. 쟁점임대주택 소재지는 2017년 8월 3일 조정대상지역으로 지정됐고, 청구법인은 2021년 9월 28일 다시 등록했으므로 시행령이 정한 '2020년 6월 17일이 지난 후 사업자등록 등을 신청한 경우'에 해당한다고 판단했다.

심판원은 종전 단기민간임대주택 등록이 2020년 9월 18일 말소돼 효력이 소멸했고, 2021년 9월 28일 등록은 별개의 새로운 등록이라고 봤다. 시행령에 말소 뒤 재등록한 경우 종전 등록일이나 임대기간을 승계하거나 합산하는 규정이 없는 만큼, 임대행위를 계속했더라도 「국세기본법」상 실질과세 원칙으로 등록 요건 자체를 대신할 수는 없다고 판단했다.

또 2021년 9월 14일 발송된 안내문은 합산배제 신고대상자, 신고기간, 제출방법, 유의사항, 합산배제 요건 등을 알리는 일반적인 신고 안내문일 뿐, 청구법인의 개별 물건을 특정해 합산배제 대상이라고 확인한 내용은 아니라고 봤다. 수년간 종합부동산세가 부과되지 않았다는 사정만으로 과세하지 않겠다는 공적 견해가 표시됐다고 보기 어렵고, 부과제척기간 내 결정·고지인 만큼 소급과세에도 해당하지 않는다고 판단했다.

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