조세심판원은 2026년 9월 3일 조심 2026구1779 결정에서 쟁점건물의 실지취득가액이 불분명하므로 환산취득가액을 적용해야 한다는 청구인의 주장을 받아들이지 않고 심판청구를 기각했다.
심판원은 세무조사 당시 확인된 매매계약서, 부가가치세 신고·환급자료, 계좌 인출내역 등에 비춰 장부상 취득가액이 신빙성 있는 실지취득가액으로 보인다고 판단했다. 청구인이 공사비가 추가로 지출됐다고 주장했지만 이를 뒷받침할 증빙자료는 제출하지 못했다고 봤다.
결정문에 따르면 청구인은 서울 서초구 소재 토지와 건물을 취득한 뒤 종전건물을 멸실하고 같은 소재지에 새 건물을 신축했다. 이후 쟁점부동산을 양도하면서 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 불분명하다고 보고 환산취득가액으로 양도소득세를 신고·납부했다.
그러나 세무당국은 토지의 매매계약서상 취득가액과 건물 신축 당시 신고한 장부상 취득가액이 확인된다며 취득가액이 불분명한 경우로 볼 수 없다고 판단했고, 이를 토대로 양도소득세를 경정·고지했다.
심판원은 청구인이 복식부기의무자로서 종합소득세 신고 때 스스로 쟁점건물의 취득가액을 장부에 계상했고, 이를 기초로 2004년부터 양도시점까지 감가상각비를 필요경비로 반영해 왔다고 짚었다. 2003년 제2기 부가가치세 신고 때 쟁점건물 신축 관련 세금계산서 매입분에 대한 환급을 받은 점도 함께 고려했다.
또 쟁점건물의 2004년 표준대차대조표에는 건물 가액이 390,153,311원으로 계상돼 있고, 건축물대장상 해당 건물은 철근콘크리트구조의 지하 1층·지상 5층, 연면적 618.08㎡로 확인된다고 밝혔다. 심판원은 이런 사정에 비춰 처분청이 쟁점건물의 취득가액을 장부가액으로 보고 양도소득세를 부과한 처분에 잘못이 없다고 판단했다.
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