대법원은 지난 12일 경정거부처분취소 소송(2026두30500)에서 원심판결 중 가산세 부과처분에 관한 부분을 파기환송했다. 본세에 관한 원심 판단은 수긍했다.
대법원 판례속보에 따르면 이 사건에서 원고는 2017년 소외 회사로부터 국외에서 공급받는 공사 용역을 제공받으면서 10% 일반세율을 적용하기로 하고 부가가치세 상당액을 지급한 뒤 매입세액 공제를 받았다. 이후 소외 회사가 이 용역에 영세율을 적용하는 수정세금계산서를 발급하고 경정청구를 통해 납부했던 부가가치세를 환급받자, 원고도 매입세액 공제를 받지 않는 것으로 수정신고해 2017년부터 2020년까지의 부가가치세 상당액과 가산세를 납부했다.
이후 원고가 수정신고를 취소하는 내용의 경정청구를 했지만 피고는 이를 거부했다. 전심절차를 거치면서 소외 회사가 부가가치세를 납부했던 2017년부터 2018년까지 부분은 취소됐고, 소송에서는 2019년부터 2020년까지의 본세와 가산세에 관한 경정거부처분 취소가 문제 됐다.
쟁점 중 하나는 영세율 대상 용역에 일반세율을 적용해 발급한 세금계산서를 뒤늦게 수정한 경우 본세와 가산세를 어떻게 볼 것인지였다. 원심은 공급자인 소외 회사의 수정세금계산서 발급이 부가가치세법 시행령상 허용되는 경우에 해당한다고 보고 본세 처분을 적법하다고 판단했다. 또 원고의 과소 납부가 단순한 법률의 부지나 오해에서 비롯됐다는 등의 이유로 가산세 처분 역시 적법하다고 봤다.
대법원은 세법상 가산세의 법적 성격부터 다시 짚었다. 가산세는 과세권 행사와 조세채권 실현을 쉽게 하기 위해 신고·납세 의무를 위반했을 때 부과하는 행정상 제재이므로, 납세의무자에게 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으면 부과할 수 없다는 기존 법리를 재확인했다.
대법원은 특히 이 사건에서 조세탈루 사실이 없었던 점, 영세율이 적용되는 재화나 용역이라도 일반세율로 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 납부한 경우 공급받는 자의 매입세액 공제가 실무상 허용되는 점을 주목했다. 또 소외 회사가 원고로부터 부가가치세 상당액을 지급받고 초기에는 부가가치세를 납부했다가 이후 체납하게 됐고, 원고가 그 이후에도 부가가치세 상당액을 계속 지급한 사정 등을 보면 원고가 체납을 예견하지 못했을 가능성도 있다고 봤다.
이에 따라 대법원은 원고에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지에 관한 심리가 더 필요하다고 판단했다. 영세율 수정신고에 따라 본세를 다시 계산해야 한다는 점과 별개로, 가산세까지 당연히 부과할 수 있는지는 별도로 따져야 한다는 취지다.
이번 판결은 부가가치세 수정신고 사건에서 본세 판단과 가산세 판단을 분리해 살펴야 한다는 점을 다시 확인한 사례로 볼 수 있다. 특히 영세율 대상 거래에서 일반세율 세금계산서가 먼저 발급된 뒤 뒤늦게 정정되는 경우, 납세자에게 실제로 의무 해태를 탓할 수 있는지에 대한 구체적 심리가 중요하다는 점을 보여준다.
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