조세심판원에 따르면 이 사건 청구법인은 항공화물혼재업을 영위하는 법인이다. 서울지방국세청장은 선행심판결정에 따라 청구법인이 A에 제공한 용역이 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항 제1호의 영세율 적용 대상에 해당하지 않는다고 보고, 처분청에 일반세율을 적용해 경정하라고 지시했다. 이에 따라 처분청은 2026.1.6. 청구법인에게 2020년 제2기 부가가치세를 경정·고지했다.
청구법인은 2026.1.16. 심판청구를 제기하며 선행심판결정은 「법인세법」상 매출액 인식방식에 관한 판단일 뿐 「부가가치세법」상 영세율 적용을 배제하는 근거가 될 수 없다고 주장했다. 또 자신이 국제물류주선업자로서 A로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 국제운송용역을 제공했다고 주장했다.
그러나 조세심판원은 선행심판결정에서 청구법인의 업종을 항공화물선적공간 중개업으로 보고, 항공운송에 따른 운임 중 항공사에 지급한 항공료를 제외한 순액법으로 매출액을 인식하는 것이 타당하다고 결정한 점을 들었다. 이어 계약 내용으로 보아 청구법인이 자기 책임과 계산 하에 타인의 항공기 등 운송수단을 이용해 화물을 운송하고 화주로부터 직접 운임을 받는 거래로 보기 어려운 점, 항공화물운수업의 전반적인 책임을 부담하기 위한 적하보증보험에 가입하지 않은 점 등을 판단 근거로 제시했다.
심판원은 이 사건 심판청구에서 제시된 자료만으로는 청구법인이 「부가가치세법」상 영세율 적용대상에 해당하는 국제복합운송계약의 직접 당사자로서 쟁점용역을 공급했다는 점이 실제 입증됐다고 보기 부족하다고 밝혔다. 이에 따라 처분청이 쟁점용역을 영세율 적용대상이 아니라고 보고 부가가치세를 부과한 처분에 잘못이 없다고 판단했다.
심판원은 함께 제시된 쟁점인 신의성실원칙 위배 여부는 영세율 쟁점이 기각돼 심리할 실익이 없으므로 심리를 생략했다.
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