헌법재판소는 같은 조항이 일반직공무원으로 임용된 교원의 경력·연수 및 직무 수행 등에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 하고, 이 경우 교육기본법 및 교육공무원법에 따라 임용된 교원과 동등한 처우를 받도록 해야 한다고 규정하고 있다고 밝혔다.
헌법재판소는 공무원보수규정 관련 조항들이 소년원학교에 일반직공무원으로 임용된 교원에 특유한 규정이라고 보기 어렵다고 판단했다. 이에 따라 이 사건은 대통령령이 불완전하거나 불충분한 경우가 아니라, 경력에 관한 대통령령이 전혀 제정되지 아니한 경우인 진정입법부작위에 해당한다고 봤다.
헌법재판소는 보호소년법 제30조 제2항에 따른 대통령령이 제정되지 아니한 상태가 2004. 4. 21.부터 이 사건 결정일 현재까지 22년 이상 계속되고 있다고 했다. 또 위임에 따른 행정입법이 기술적으로 불가능하다고 보기 어렵고, 대통령이 정당한 이유 없이 대통령령을 제정하지 않아 청구인들이 교육공무원인 교원과 동등한 경력평가를 전제로 한 보수상 처우를 보장받지 못하게 된 것은 재산권 침해에 해당한다고 판단했다.
헌법재판소는 법률이 명시적으로 같게 취급하도록 한 것이 다르게 취급되도록 방치된 점도 불합리하다고 보고, 이 사건 행정입법부작위가 청구인들의 평등권도 침해한다고 판단했다. 반대의견은 관련 법령 규정들이 이미 존재해 규범의 공백이 있다고 보기 어렵고, 이 사건 심판청구는 청구기간을 도과해 부적법하므로 각하돼야 한다는 취지였다.
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