개정안은 공공연구기관 소속 연구자가 자신이 개발한 공공기술로 창업하더라도 해당 공공기술에 관한 권리가 공공연구기관에 귀속돼 있으면 별도의 기술이전 또는 실시권 설정·허락 절차를 거쳐야 하는 현행 구조를 문제로 들었다. 이 과정에서 산학협력단 등 기술이전·사업화 전담조직이 연구자 창업 여부와 실시권·기술료 조건을 사실상 좌우하거나, 의사결정을 지연해 사업화의 적기를 놓치는 문제가 제기된다는 것이다.
이에 개정안은 관계부처가 공동으로 연구자 창업기업의 선정, 기여도 평가, 실시권·기술료, 처리기한·이의절차 등에 관한 기준을 마련하도록 했다. 정부와 관계 중앙행정기관이 공공연구기관 및 기술이전·사업화 전담조직을 평가할 때는 실제 창업·제품화·매출·고용·후속투자 등의 성과를 반영하도록 했다.
공공연구기관의 창업지원 내부규정에는 공공기술의 이전·이용, 기여도 평가, 기술료, 신청 처리기한, 재검토 절차를 포함하도록 했다. 또 공공연구기관과 산학협력단 등 기술이전·사업화 전담조직이 권리의 승계·관리 또는 통상적인 출원·등록 등 행정지원을 이유로 연구자의 창업을 제한하거나, 기술이전 및 실시권 설정·허락을 부당하게 지연·거절하고 불합리한 조건을 부과하는 행위도 금지하도록 했다.
연구자 창업기업에는 우선협상권을 부여하고, 원칙적으로 전용실시권을 설정하되 전용실시권 설정이 어려운 경우에는 통상실시권을 우선 허락하도록 했다. 실시권과 기술료 조건은 연구자와 공공연구기관의 실질적 기여를 고려해 정하고, 전담조직의 통상적인 행정지원은 실제 비용과 전문적 기여의 범위에서만 반영하도록 했다.
창업 초기 기술료는 감면·유예·분할납부 또는 성과연동 방식으로 납부할 수 있도록 하고, 주식·채권·주식매수선택권 등의 수단도 활용할 수 있게 했다. 불허결정에 대한 재검토는 최초 결정에 관여한 사람을 배제하고 외부 전문가가 참여하는 재검토위원회를 통해 실시하도록 했다.
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