대법원은 지난 12일 경정거부처분취소 사건(2026두30758)에서 원고의 상고를 기각했다. 대법원은 간주취득세 납세의무자가 과세표준을 자진신고한 경우에도 정당한 과세표준은 법인 결산서와 장부 등을 기초로 한 취득의제 당시 장부가액이라고 봤다.
구 지방세법에 따르면 법인의 주식 또는 지분을 취득해 과점주주가 되면 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다. 이 경우 해당 자산 총가액을 기준으로 계산한 금액이 과세표준이 되며, 신고가액이 정당한 과세표준보다 적으면 지방자치단체장이 법인의 결산서와 장부 등에 따라 다시 산정해 취득세를 부과할 수 있다.
대법원도 이러한 규정에 비춰 과세관청은 신고 내용과 달리 과세표준을 산정할 수 있다고 판단했다. 자진신고가 있었다는 사정만으로 신고가액이 곧바로 우선하는 것은 아니고, 법인 장부 등에 따른 정당한 과세표준에 미달하면 과세관청이 이를 바로잡을 수 있다는 취지다.
다만 재판부는 법인 장부가액을 실제 취득가격과 무관하게 기계적으로 과세표준으로 삼을 수는 없다고 선을 그었다. 법인 장부가액을 취득가액으로 보는 취지는 그 금액이 원칙적으로 실제 취득가격에 부합할 신빙성이 있다는 데 있는 만큼, 실제 취득가격과의 부합 여부는 별도로 심리해야 한다는 것이다. 대법원은 이 법리가 간주취득세 과세표준을 산정할 때에도 동일하게 적용된다고 밝혔다.
이 사건에서 원고는 2021년 12월 3일 쟁점회사 발행주식 50%를, 2022년 6월 13일 나머지 50%를 각각 취득했다. 원고는 쟁점회사가 보유한 이 사건 부동산의 취득원가를 기준으로 과점주주 간주취득세 과세표준을 신고한 뒤, 재고자산평가충당금을 공제한 장부가액을 기준으로 세액이 감액돼야 한다며 경정청구를 했다.
하지만 과세관청은 이를 받아들이지 않았고, 원심도 이 사건 부동산의 간주취득세 과세표준을 취득원가 기준으로 산정한 것이 타당하다고 판단했다. 원심은 원고가 차감·공제를 주장한 평가충당금에 대해 산정의 적정성을 뒷받침할 객관적 자료와 근거가 제출되지 않았다고 봤다.
대법원은 원심이 납세의무자의 신고가액이 장부가액보다 우선한다는 취지로 전제한 부분은 적절하지 않다고 지적했다. 그러나 원고 주장을 애초 신고가액이 과다했다는 취지로 보더라도 평가충당금 산정의 적정성이 인정되지 않는 이상 결론은 달라지지 않는다며 원심 결론을 유지했다.
이번 판결은 과점주주 간주취득세에서 장부가액 기준의 원칙과 한계를 함께 정리한 사례다. 장부상 금액이 과세표준 산정의 출발점이 되더라도, 그 금액이 실제 취득가격에 부합하는지 여부까지 심리 대상이 된다는 점을 분명히 했다는 의미가 있다.
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