대법원은 2026년 8월 13일 선고한 2026두30542 사건에서 원고의 상고를 기각했다. 사건명은 '부가가치세부과처분 무효 확인 등 청구의 소'다.
대법원은 특별한 사정이 없는 한 세무조사 결과에 대한 서면통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 이뤄진 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백해 무효라고 밝혔다.
또 국세기본법 제81조의12 제1항 각 호 외의 부분 단서와 국세기본법 시행령 제63조의13 제2항 각 호에 명시된 통지의 예외사유에 해당하지 않는데도, 과세관청이 세무조사 결과를 법정 통지기한이 지난 뒤 통지해 이뤄진 과세처분은 달리 이를 용인할 특별한 사정이 없는 한 위법하다고 판단했다.
대법원은 아울러 과세전적부심사가 청구된 경우 과세표준 및 세액의 결정 등이 유보돼야 하는 시한은 과세전적부심사에 관한 '결정' 자체가 이뤄진 시점까지일 뿐, 그 결정이 청구인에게 현실적으로 통지되거나 송달될 때까지는 아니라고 봤다.
이 사건은 세무조사 후 이뤄진 당초 처분이 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않았다는 이유로 이의신청 절차를 통해 취소된 뒤, 과세관청이 당초 처분과 동일한 내용으로 다시 세무조사 결과를 통지하고 과세전적부심사의 기회를 부여한 후 과세처분을 하자 원고가 그 처분의 취소를 청구한 사안이다.
원심은 당초 처분이 원고의 이의신청에 따라 취소된 뒤 과세관청이 동일한 조사결과에 대해 다시 세무조사 결과를 통지한 다음 재처분을 할 수밖에 없는 절차적 상황에 놓였고, 원고 역시 세무조사 결과통지를 계기로 과세전적부심사를 청구하는 등 방어권을 행사할 기회를 부여받았다고 봤다. 또 피고가 과세전적부심사 결정이 있었던 2023년 12월 20일까지 해당 과세처분을 유보했다가 이 사건 처분을 한 점 등을 들어, 이 사건 처분을 위법하다고 볼 수 없다고 판단했다.
대법원은 이 같은 법리를 설시하면서 원심을 수긍해 상고를 기각했다.
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